En 2018, le Jour du Jugement Dernier a eu lieu, laissant place d’un côté au réseau de machines Skynet et de l’autre aux survivants humains. John Connor est devenu le leader charismatique de la Résistance humaine. Cependant, son futur préétabli est totalement bouleversé par l’apparition de Marcus Wright, un mystérieux inconnu amnésique dont le dernier souvenir remonte à son séjour dans le couloir de la mort en 2003, avant de donner son corps à la science. Alors que Skynet prépare son offensive finale, Connor doit découvrir si Marcus a été envoyé du futur pour le piéger ou s’il s’agit d’un allié fiable. Ensemble, ils infiltrent le cœur opérationnel de Skynet à San Francisco et découvrent un terrible secret visant à l’extermination totale de la race humaine.