1858, la nation traverse une période socialement et politiquement instable avec l’arrivée des occidentaux qui l’obligent à s’ouvrir au monde extérieur. Et comme si cela ne suffisait pas, elle subit une épidémie de choléra qui fait des milliers de victimes, un fléau qu’on propagé les étrangers. Touchée par ce mal terrible, la mère de Shotaro et Gentaro Yukimura, deux frères de 14 et 13 ans, leur fait promettre de résister quoi qu’il arrive, car se sont toujours les plus fort qui s’en sortent. A la mort de celle-ci, les deux garçons se retrouvent seuls au milieu du chaos et doivent se battre pour survivre…