La saison s’ouvre sur les conséquences du final de la saison 1 : l’atmosphère terrestre est devenue rouge. Anna prétend qu’il s’agit d’un cadeau écologique pour soigner la Terre, mais Erica et les scientifiques découvrent que cette pluie rouge sert à fertiliser les femmes humaines pour qu’elles puissent donner naissance à des hybrides humains-Visiteurs, indispensables à la survie génétique de la race reptilienne.La résistance d’Erica Evans (Elizabeth Mitchell) se radicalise. Pour mener des actions plus violentes contre les extraterrestres, la Cinquième Colonne s’allie avec une cellule d’anciens agents secrets extrémistes menée par Eli Cohn.