L’histoire se déroule à New York à l’époque contemporaine. Clary Fray (Lily Collins) est une adolescente tout à fait ordinaire jusqu’au jour où, dans une boîte de nuit, elle est le témoin d’un meurtre commis par trois jeunes gens étranges que personne d’autre qu’elle ne semble voir. Le lendemain, sa mère, Jocelyn, est mystérieusement enlevée par des créatures monstrueuses après lui avoir ordonné de fuir. Clary découvre alors la vérité sur ses origines : elle appartient à la lignée des Chasseurs d’Ombres (Shadowhunters), des guerriers hybrides, mi-humains mi-anges, qui vouent leur existence à protéger le monde des humains (les « Terrestres » ou Mundanes) en chassant les démons.