Après la terrible tragédie biologique qui a décimé une partie de la population et brisé définitivement sa famille, Frank Black décide de couper totalement les ponts avec le corrompu Groupe Millennium. Déterminé à offrir un nouveau départ à sa fille Jordan, il quitte Seattle pour revenir s’installer à Washington D.C. et réintègre le FBI en tant que consultant spécial. Sur place, il fait équipe avec la jeune agente Emma Hollis (interprétée par Klea Scott), qui devient sa nouvelle partenaire. Cependant, le Groupe Millennium, loin d’avoir renoncé à ses desseins apocalyptiques, infiltre les plus hautes sphères du gouvernement et tente de manipuler Emma en exploitant ses faiblesses familiales. Frank se retrouve alors engagé dans un double combat : résoudre des enquêtes criminelles de plus en plus complexes et terrifiantes, tout en menant une guerre psychologique acharnée contre son ancien employeur pour sauver son âme, sa fille et sa nouvelle coéquipière avant la date fatidique du nouveau millénaire.