L’histoire débute au moment où la Terre se fait envahir par des extraterrestres appelés les Amanto. Ces derniers, technologiquement très avancés, vont imposer leur loi : tout samouraï devra se défaire de son sabre… C’en est fini de la voie du Bushido ! C’est dans cette période de troubles, que Gintoki Sakata, jeune homme qui ne quitte pas son sabre de bois, décide de s’établir en tant que samouraï freelance… Il offrira ses services pour n’importe quel petit boulot pour lequel on voudra bien le payer. Il sera rejoint plus tard par ses amis Shinpachi et Kagura. Après avoir vaincu Kaguya Ôtsutsuki avec Naruto et avoir ramené la paix, Sasuke s’exile. Son voyage est une forme de rédemption. En chemin, il croise des shinobis qui admirent le Sasuke d’autrefois qui ne pensait qu’à la vengeance. Par ailleurs, un péril imminent menace les villages cachés de Konoha, de Kiri et de Kumo. Quels sont ces yeux rouges dans lesquels brûlent les flammes de la haine ? Quel est l’avenir que perçoit Sasuke ?