Au milieu du XVIIIe siècle, le père Gabriel (joué par Jeremy Irons), un prêtre jésuite, s’aventure dans la jungle au-dessus des chutes d’Iguazú pour évangéliser pacifiquement la tribu indigène des Guaranis. Rodrigo Mendoza (joué par Robert De Niro) est un ancien mercenaire et trafiquant d’esclaves. Après avoir tué son propre frère lors d’un duel amoureux, il sombre dans la dépression et le remords. Le père Gabriel l’aide à trouver le pardon : Mendoza gravit les chutes d’eau en tirant derrière lui son lourd équipement de soldat et rejoint la mission des Guaranis, où il trouve la paix et s’engage à protéger la communauté.