Noël 1558, le jeune Ned Willard rentre à Kingsbridge. Il découvre une ville déchirée par la haine religieuse, et se retrouve dans le camp adverse de celle qu’il voulait épouser, Margery Fitzgerald. L’accession d’Élisabeth Ire au trône met le feu à toute l’Europe, et les complots pour destituer la jeune souveraine se multiplient. Pour déjouer ces machinations, Élisabeth constitue les premiers services secrets du pays, et Ned devient alors espion de la reine. En ces temps de grand trouble, de fanatisme et de violence, les pires ennemis ne sont pourtant pas les religions rivales : la véritable bataille oppose les adeptes de la tolérance et les extrémistes.